Das Abenteuer von LOST SPHEAR beginnt in der abgelegenen Stadt Elgarthe, in der ein Junge namens Kanata aus einem furchtbaren Traum erwacht und feststellt, dass seine Heimatstadt verschwindet.

Kanata stellt sich einer ominösen Macht, die die Realität bedroht. Dabei muss er die Macht der Erinnerungen erwecken, um das „Verlorene“ wiederherzustellen.

Um zu verhindern, dass die Welt auf ewig verloren ist, machen Kanata und seine Gefährten sich auf, die Welt um sich herum durch verschiedene Erinnerungen wiederaufzubauen und zu gestalten.